（一）負責建立健全生態環境有關制度。會同有關部門擬訂并組織實施全區生態環境政策、規劃。會同有關部門編制并監督實施重點區域、流域、飲用水水源地生態環境規劃和水功能區劃。
（二）負責生態環境問題的統籌協調和監督管理。牽頭協調環境污染事故和生態破壞事件的調查處理，指導協調全區突發生態環境事件的應急、預警工作，牽頭指導實施生態環境損害賠償制度，協調解決有關跨區域生態環境污染糾紛，統籌協調全區重點區域、流域生態環境保護工作。
（三）負責監督管理污染物排放總量控制計劃的落實。根據國家、省、市核定的污染物減排指標，組織制定并監督實施污染物排放總量控制計劃及相關政策，負責區域排污總量管理及監督管理減排目標的落實。監督實施排污許可證制度，監督檢查本區域內污染物減排任務完成情況，實施生態環境保護目標責任制。負責應對氣候變化和溫室氣體減排的組織協調工作。
（四）負責環境污染防治的監督管理。制定全區大氣、水、海洋、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理制度并監督實施。會同有關部門監督管理飲用水水源地生態環境保護工作，組織指導城鄉生態環境綜合整治工作，監督指導農業面源污染治理工作。組織協調區域大氣污染聯防聯控工作。
（五）指導協調和監督生態保護修復工作。組織編制生態保護規劃，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。組織制定全區各類自然保護地生態環境監管制度并監督執法。監督野生動植物保護、濕地生態環境保護等工作。指導協調和監督農村生態環境保護，組織協調生物多樣性保護，參與生態保護補償工作。
（六）負責輻射環境安全的監督管理工作。監督管理核技術應用、電磁輻射、放射源和放射性廢物以及伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治。組織協調輻射環境事故應急工作。
（七）負責生態環境準入的監督管理。受區政府委托指導開展經濟和技術政策、發展規劃以及經濟開發計劃環境影響評價工作。按國家、省、市、區規定審批或審查開發建設區域、規劃、項目環境影響評價文件。擬訂并組織實施區生態環境準入清單。
（八）負責生態環境監測工作。制定生態環境監測制度和規范、擬訂相關標準并監督實施。參與生態環境質量監測站點設置工作，組織實施生態環境執法監測、排污單位監督性監測、溫室氣體減排監測、環境應急監測。參與生態環境質量狀況調查評價、預警預測，建立和實行生態環境質量公告制度，統一發布全區環境狀況公報和重大生態環境信息。負責全區生態環境信息化工作，參與國家、省、市生態環境監測網相關工作。
（九）配合開展生態環境保護督察。協調全區有關部門、鄉鎮（街道）配合上級開展生態環境保護督察工作，建立健全生態環境保護督察整改相關制度并督促落實。
（十）統一負責生態環境監督執法。組織開展全區生態環境保護執法檢查活動。查處重大生態環境違法問題。負責和指導全區生態環境保護綜合執法隊伍建設和業務工作。
（十一）開展生態環境科技工作。指導開展生態環境重大科學研究和技術工程示范工作，參與生態環境技術管理體系建設。開展生態環境合作交流，配合開展有關生態環境國際條約的履約工作，參與處理涉外生態環境事務。
（十二）負責提出生態環境領域政府財政性資金安排的初步意見，配合有關部門做好投資項目組織實施、資金使用管理和監督工作。參與指導推動循環經濟和生態環保產業發展。
（十三）負責生態環境宣傳教育工作，制定并組織實施生態環境保護宣傳教育規劃，推動社會組織和公眾參與生態環境保護。
（十四）完成上級生態環境主管部門和區委、區政府交辦的其他任務。
（十五）職能轉變。深化生態環境領域“最多跑一次”改革，統一行使生態和城鄉各類污染排放監管和行政執法職責，切實強化統一監管。牽頭協調美麗甌海建設，全面落實大氣、水、土壤、固廢污染防治行動計劃，全面實施生態文明示范創建行動計劃，高標準打好污染防治攻堅戰和生態文明持久戰。實行最嚴格的生態環境保護制度，嚴守生態保護紅線和環境質量底線，構建政府為主導、企業為主體、社會組織和公眾共同參與的環境治理體系。深化拓展“區域環評+環境標準”改革，加強事中事后監管。全面推進生態環境領域大數據應用和信息化建設工作，推動政府數字化轉型。